江西省科学院微生物研究所成立于1981年，是以微生物应用基础研究为方向，重点开展有机酸发酵生产及相关衍生产品、害虫昆虫病毒分子生物学及昆虫病毒材料应用、环境与应用微生物和农产品质量安全研究，服务于地方社会经济发展的公益型研究机构。

研究所下设生物化工研究室、应用微生物研究室、分子生物学研究室。建有江西省生物化工工程技术研究中心（省级工程中心）、南昌市应用微生物重点实验室。拥有省级优势科技创新团队“乳酸及其衍生物技术创新团队”、院级优势科技创新团队“生物农药创新团队”。研究所参股和控股企业：江西省科院生物技术有限责任公司、江西省科学院生物保健品厂。

    全所现有职工53人，其中具有高级职称15人（正高6人），中级职称17人，初级职称10人。现有博士12人，硕士6人。并聘请外籍专家一人，国家“长江学者”1人， 博士生导师2人。中科院挂职副所长1人。

    自建所以来，共承担国家及省级重点科研攻关课题120余项，承担完成委托开发项目50余项，获科研成果90余项。获国家自然科学三等奖1项，获省科技进步二等奖3项，三等奖3项，获南昌市科技进步三等奖1项，获江西省科学院科技进步一等奖1项、三等奖1项。在国内外学术会议和刊物发表学术论文共600多篇。