新疆农垦科学院畜牧兽医研究所成立于1979年，是新疆生产建设兵团综合性畜牧与兽医科学技术研究机构，建设有“省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室”、“绵羊育种国家地方联合工程实验室”、“羊遗传与育种野外观测站”、示范型“绵羊遗传改良国际合作基地”等研究平台。围绕动物育种、繁殖、饲养管理、疫病防控四个研究方向，下设育种、繁殖、胚胎移植、动物营养、基因工程研究、草畜研究、疫病防治研究、寄生虫病、奶牛服务、熊峰养殖等11个课题组，并建有兵团级种羊场1个，企业2家。

  现有在职科研人员42人，其中工程院院士1名，研究员15人，副研究员9人，助理研究员15人；博士12人，在读博士2人，硕士25人。政府特殊津贴专家3人，人事部、农业部有突出贡献专家3人，兵团学术技术带头人3人。近年来主持和承担多项国家、省部级及兵团科研项目60余项，培育了中国美利奴（军垦型）超细、细型、肉用、多胎品系及阿勒泰肉用细毛羊，取得了10多项国家发明专利；获得国家科技进步二等奖1项，兵团科技进步一等奖2项，二等奖4项。发表研究论文150余篇，出版专著3部，为兵团畜牧业生产和发展做出了突出贡献。