新疆农垦科学院棉花（植保）研究所成立于1998年，全所现有在职人员37人，其中科技人员25人、经营人员9人、科辅人员3人；研究员5人、副研究员17人，中级职称3人；博士7人、硕士22人；享受国务院特殊津贴人员2人，农业部农业科研杰出人才1人，兵团突出贡献专家1人，兵团学术带头人2人；在读博士3名，在读硕士1名。全所实验室面积1000 m²，拥有万元以上仪器设备100余台（套）。种子库、晒场等5000 m²，拥有轧花、脱绒、选种等棉种加工全套设备。试验及良繁基地120公顷，在南疆第二师铁门关市建有南疆育种生态试验站。

遗传育种研究方面：自十五以来，收集引进各类种质资源800余份，培育了各类型新品种18个。其中特早熟长绒棉新品种新海22号，填补了北疆不能种植长绒棉的历史空白；新陆早33号和新陆早42号被农业部连续多年推介为全国农业主导推广品种之一；新陆早45号是目前新疆北疆主栽品种。获得兵团科技进步一等奖3项，兵团科技进步二等奖1项，全国农牧渔业丰收奖二等奖1项，中华农业科技奖二等奖1项，兵团科技进步三等奖3项。共获得各类授权专利21项，其中发明专利3项，实用新型专利18项，软件著作权3项，品种权7项。发表学术论文350篇，出版专著3册，其中SCI论文8篇， EI论文 2篇。