广东省微生物研究所前身为中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日经国家科委批准成立，1972年改为现名。2014年分类定位为公益一类事业单位，隶属广东省科学院。

  现有员工381人，在读博士和硕士研究生92人，在站博士后11人。其中专业技术人员345人，博士68人，硕士98人。具有正高级职称27人，副高级职称29人。

  建成由中国工程院院士、国家百千万人才工程入选者、国家“万人计划”科技创新领军人才、广东省科技创新领军人才、国家优秀青年基金获得者等为领军科学家的六大研究中心，在微生物应用基础研究、行业共性关键技创新及科技服务、微生物高技术成果转移转化方面，己成为国内领军科研机构。

  作为具有热带亚热带区域特色与优势的微生物学专业科研机构，面向国家和广东省社会经济发展对微生物学的重大需求，长期重点致力于具有热带亚热带特色的微生物资源、微生物与生态环境、食品安全及健康等相关基础、应用基础及公益性研究，开展为支撑生物技术相关行业可持续发展的共性关键技术研究及储备性前沿技术探索。所内建成了省部共建华南应用微生物国家重点实验室、国家广州化学品生态环境安全评价服务中心、国家生物产业基地公共实验中心、国家专利菌种保藏机构—广东省微生物菌种保藏中心、华南地区最大（全国第二大）的大型真菌标本馆、广东省微生物芯片工程技术研究中心、广东省环境微生物工程技术研究中心、广东省抗微生物材料与抗菌检测工程技术研究中心、广东省微生物资源工程技术研究中心、广东省饮用水安全应急技术研究中心等一大批国家和省部级科技创新平台。目前研究所已形成资源微生物学、环境微生物学、分析微生物学和霉腐微生物学等四大国内优势学科。具有博士研究生和硕士研究生培养能力，建有由国家人社部批准的博士后科研工作站，具有独立招收博士后研究人员资格。广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心、广东省质量监督食用菌检验站均挂靠该所。同时兼任中国食用菌协会副会长单位。

  1999年经省编办批准成立广东省微生物分析检测中心，与广东省微生物研究所合署办公。