黑龙江省科学院微生物研究所始建于1959年，原名中国科学院林业土壤研究所生物分所，隶属中国科学院东北分院，1971年改名为黑龙江省应用微生物研究所，转属黑龙江省科学院，2008年改为现用名。固定资产2600万元，占地面积20000m2, 现有人员总数106人。其中博士11人，硕士42人，高级职称35人，享受国务院特殊津贴专家6人，享受省政府特殊津贴专家3人，省级学科带头人及后备带头人6人。

  是我国东北四省区内唯一专门从事农、林、牧业及医用特色微生物种质资源挖掘、鉴定、保护和利用的研究机构。重点开展微生物种质库建立，微生物肥料、农药、饲料等生态农业制剂研发，牛粪、秸秆、沼气等生物质能源转化利用，绿脓杆菌及其特种疫苗资源储备，公共卫生安全检测治理等基础和应用研究；承担公共研发平台建设及相关技术产品中试、技术成果熟化、转化等公益职能；承担高层次人才培养及技术人才培训、国家标准体系建设等公益服务。

  设有3个研究室和3个研究中心，分别是基因工程实验室、应用医学微生物研究室、资源与环境微生物研究室和食用菌研究中心、发酵工程研究中心和生物肥研究中心；建有中国医学细菌保藏管理中心绿脓假单胞菌专业实验室、黑龙江省生物工程重点实验室、黑龙江省发酵技术工程研究中心、黑龙江省生物肥料研究中心、黑龙江省食用菌中试基地、黑龙江省菌种保藏中心、省级博士后产业化基地等科技创新平台；拥有微生物学及微生物药物学2个省级领军人才梯队；是东北农业大学和黑龙江大学硕士生实习实训基地。下设高新技术企业黑龙江龙泰生物技术开发有限公司。驻有黑龙江省微生物学会、黑龙江省生物工程学会两个省级学会及核心期刊《生物技术》杂志。

  建所以来，在微生物资源多样性研究与前期开发、微生物基因工程技术、微生物育种和发酵工程技术、微生物检测、诊断与防治技术和环境微生物及污染物治理技术等领域从事研究与开发工作，并已在食药用菌、微生物肥料、微生物农药、生物质能源、废水微生物处理、固液综合配套发酵技术、生物医药、健康食品等领域形成了专业特色和技术优势。先后取得346项重要科技成果（国家级54项，省级116项，地市级176项），其中86项成果获得国家级、省部级和地市级科技奖励（国家级5项，省部级35项，地市级46项），有50余项科技成果在工业、农业生产中转化应用，取得了巨大的经济效益和社会效益。申报专利82项，获得授权发明专利43项，发表论文586篇，其中被SCI收录21篇，出版专著12部。